O Museu de Alberto Sampaio possui coleções de grande interesse, de que destacamos: a escultura, representada por estátuas em calcário e madeira dos séculos XIII a XVIII; o núcleo de talha, com destaque para o retábulo seiscentista que pertencia à Irmandade de São Pedro e para as ilhargas barrocas da igreja do Convento de Santa Clara; a pintura, representada por frescos destacados e pintura sobre tábua; a cerâmica, constituída por exemplares de azulejaria e de faiança; a coleção têxtil, composta por vestes litúrgicas e por um núcleo significativo de amostras de tecidos; a coleção de ourivesaria, composta por alfaias litúrgicas – cálices, patenas, custódias, cruzes e relicários –, de tipologia e função variadas, que permitem acompanhar a evolução do gosto desde o século XII até ao século XIX.